Наш центр використовує широкий спектр генетичних методів:
- Ізоляція та очищення ДНК/РНК. Наша лабораторія займається аналізом генетичної інформації, що представлена у вигляді ДНК і РНК майже у будь-якому біоматеріалі. Тому нам важливо отримати чисту ДНК/РНК для забезпечення точного результату.
- Спектрофотометрія – використовується для визначення концентрації та чистоти ДНК/РНК. Необхідне використання спектрофотометра з довжинами світлових хвиль 260 і 280 нм.
- ПЛР (полімеразна ланцюгова реакція, PCR – polymerase chain reaction) – застосовують з метою швидкого копіювання (ампліфікації) ділянок ДНК. У людини близько 3,3 млрд пар нуклеотидів, і дуже часто з цієї кількості потрібно проаналізувати лише один! ПЛР дозволяє скопіювати саме ту ділянку ДНК, яка потрібна для аналізу. ПЛР здійснюється на ПЛР-машинах, для аналізу потрібні додаткова техніка та методи.
- Розділення продуктів ПЛР на електрофорезі дає змогу визначити точний розмір певної ділянки ДНК, завдяки чому дізнатися, чи є втрати (делеції) або непотрібні вставки (інсерції) генетичної інформації. Ми проводимо електрофорез на агарозному чи поліакриламідному гелі, а також капілярний електрофорез. Вибір електрофорезу залежить від того, яка роздільна здатність нам потрібна.
- Аналіз поліморфізму довжини рестрикційних фрагментів (ПДРФ) проводиться з використанням ендонуклеаз рестрикції, що працюють як молекулярні ножиці, «розрізаючи» ДНК у конкретних місцях. Таке «розрізання» ділянки ДНК на фрагменти показує наявність чи відсутність поліморфізму. Аналіз довжини та кількості фрагментів проводиться за допомогою електрофорезу.
- ПЛР в реальному часі – дає змогу відстежувати копіювання ділянок ДНК в реальному часі та не потребує додаткових аналізаторів. Для цього методу використовують спеціальні флюорисцентні мітки, з допомогою яких копіювання ділянок ДНК супроводжується світінням. Що інтенсивніші сигнали світіння, то більше ділянок накопіювалося. Цей метод можна використовувати для:
- кількісного визначення (різна інтенсивність світіння відповідає різній кількості вірусів, бактерій чи копійності генів);
- якісного визначення (відсутність світіння означає відсутність мутації, гена чи збудника інфекції).
- MLPA (Multiplex ligation-dependent probe amplification) – залежна від лігування ампліфікація зондів. Цей метод дає змогу встановити кількість копій різних регіонів ДНК. У MLPA використовують:
- зонди (що «сідають» на ті ділянки ДНК, які ми аналізуємо);
- лігази (ферменти, що зшивають разом зонди, які «сіли» поруч на ДНК);
- ПЛР (для копіювання «зшитих» зондів);
- капілярний електрофорез (для аналізу скопійованих «зшитих» зондів).
- Секвенування за Сенгером – дає змогу встановити точну послідовність ділянок ДНК. Цей метод виявляє всі можливі мутації в конкретній ділянці ДНК. Для секвенування за Сенгером необхідно використовувати ПЛР та капілярний електрофорез.